仔猪出生时，肠道处于微生物真空状态，但这一状态很快被打破。研究表明：出生后3小时内，80%以上的菌种已开始定植，其微生物主要来源于母体产道、粪便、地面周围环境等。随着时间的推移，肠道内的需氧菌和兼性厌氧菌数量迅速增加，12小时内，结肠后段菌群数量可达到109CFU/g。仔猪出生24小时内，空肠、回肠、盲肠和直肠就迎来了分歧杆菌、大肠杆菌、乳酸杆菌、消化球菌、类杆菌、肠球菌、小梭菌、真杆菌和酵母菌等多种细菌的定植。在出生后的48小时内，由于母乳的影响，厌氧菌(有益菌)迅速崭露头角，逐步形成优势菌群（肠道中90%以上的菌种都是厌氧菌）。出生后第一周内，菌群中乳酸杆菌，链球菌成为优势菌群，内容物会保持107-109CFU/g的数量。并且这种优势在整个哺乳期得以延续。这一阶段菌群的快速建立，为仔猪肠道微生态系统奠定了初步基础。仔猪出生后第一周是肠道菌群从无到有的关键阶段，快速的形成肠道有益菌优势，是有助于减少产房细菌性腹泻的方式，比如仔猪黄白痢。

    在仔猪哺乳期，随着稳定的母乳持续摄入，肠道菌群进入相对稳定的发展阶段。在这一阶段，乳酸杆菌和链球菌凭借对母乳底物的高度适应性，在菌群生态位中优势稳坐，它们能够有效利用母乳中的乳糖等成分进行生长繁殖。这种稳定的菌群结构有助于仔猪更好地吸收母乳中的营养成分，促进其生长发育。同时能够增强仔猪的免疫力，抵御外界病原菌的入侵。

    断奶阶段堪称仔猪肠道菌群变化的关键转折点，这一过程通常需要2到3周的时间，肠道菌群才能逐渐恢复稳定。断奶意味着仔猪从依赖母乳转变为完全依靠固体饲料生存。固体饲料的能量物质主要以碳水化合物为主，与母乳中以脂肪为主的能量物质相比，其成分更加复杂。断奶的仔猪面临食欲下降，同时仔猪还遭遇断奶、混群、环境改变等多重应激影响，致使肠道结构出现异常，菌群稳定性被彻底打破。在断奶后的第一周，肠道菌群的结构最为不稳定，细菌的活力也大大降低。研究表明，断奶应激会导致小肠中的乳酸杆菌数量减少100倍，而大肠杆菌的数量则增加了50倍。肠道pH值升高（>5.5），消化酶活性降低。同时，在这一阶段还出现G-菌（如大肠杆菌）对G+菌（如乳酸菌）的排斥现象。尽管G+菌最终在成年猪肠道内占据重要地位，但在断奶初期，这种菌群间的激烈变动给仔猪肠道健康带来了极大挑战，往往容易引发腹泻等疾病，造成肠道粘膜损伤，影响消化吸收和生长发育。因此，在仔猪断奶过渡期，通常会在仔猪饲料中或者养殖过程中使用一些保健产品来调节肠道健康，比如酸化剂、微生态制剂、植物精油和酶制剂等，降低仔猪菌群动荡给仔猪生长带来的影响。